La trama si concentra su un eccentrico samurai, Gintoki Sakata, il suo (parziale) apprendista Shinpachi Shimura, e una giovane aliena, Kagura. Tutti e tre sono dei liberi professionisti che cercano lavoro come "tuttofare" per pagare l’affitto mensile, cosa che solitamente non accade.
Gintama spesso parodizza le situazioni ed i personaggi tipici dei manga, soprattutto degli shōnen.